蘇菲亞既專政，見彼得日為游戲，心竊喜之，顧終恐其年長難制，欲早除之，乃與近幸謀變更軍制，以獵夫游蕩之徒，厠行間，使之伺隙去彼得。時彼得新婚（見下章），赴柏列亞旅行，將歸時，蘇菲亞遣人飛檄射擊隊，誣言彼得罪惡，且布間諜使人民與那爾斯康之黨為難。人民知蘇菲亞狡黠，相戒不墜其謀。蘇菲亞久之無所獲，乃更變計謀，募集市中無賴者，授以兵編成一隊，陽以擁護彼得為名，實欲使之圖弒。未幾，彼得有友覺其事，以告彼得，彼得方寢，聞之大驚，無暇更寢衣，馳匿馬廐，其友挽馬至。彼得乃躍馬走一森林。其友挾御袍以從，乃共匿于寺院之內。
蘇菲亞知謀敗，因欲自掩護，乃上書乞帝早歸莫斯科（俄京也），更親詣寺院謁彼得。彼得以蘇菲亞迭為禍亂，不愿與之相見，遺中官持節止之于途。暴徒知為蘇菲亞所賣，亦大怨恨蘇菲亞，群向彼得謝罪，愿效忠王室以自贖。彼得乃乘機撲滅蘇菲亞黨，大捕黨人，檢二一巨魁，處以死刑，其他或流或錮，論罪有差。又引輕犯者數人，于稠人前數之，并宣言此等罪人，終其身皇帝不復加恩遇。處置既畢，幽閉蘇菲亞于修道院，與約非大祭日不許與皇族及親屬會見。彼得雖幽閉蘇菲亞，然以骨肉故，待之極有恩，除凈室以予之，并為之廣置奴婢焉。
其后彼得游歐洲時（見下），蘇菲亞又作亂。貴族及射擊隊，反對彼得改革之事，謀背彼得，擁蘇菲亞為帝，哥敦將軍討平之。彼得聞報馳歸，處罰叛徒，再錮蘇菲亞，禁其與聞國事（時蘇菲亞已被釋放故云）。蘇菲亞之亂，幾十余年，至是乃平。
【批評】
俄國貴族權力甚盛，故歷代君主，非如彼得之英偉者，殆守府而已。夫專制國之君主，號曰專制，而實際乃被專制者。俄之專制與吾國類，而歷史亦然，吾國數千年來，宦官女后外戚之禍，史不絕書，俄亦如之。蘇菲亞之亂，亙十數年乃平。其他俄史上，于此等事亦復不少。故今日俄國虛無黨之凌迫**，亦可謂甚矣。然其所以不能得政權者，毋亦貴族所把持，非必君主意也。故近日虛無黨反對專制者，恒不反對君主，但與其貴族大臣抗。貴族大臣一屈，則帝政自倒。此固征之已事，而可料者也。
蘇菲亞專政后，看到彼得整日每天游玩嬉戲，她暗地里很高興，只是還是害怕彼得長大后難以控制，想要早點除去他，于是就和寵信的近臣謀劃，下令改編軍隊的編制，征集獵人、游蕩不守正業的人，夾雜在軍隊中，命令他們找到時機趁機除去彼得。當時彼得剛剛新婚（內容見下章），去柏列亞旅行，快要回來的時候，蘇菲亞派人緊急通知射擊隊討伐彼得，誣陷彼得的罪行，而且還布控間諜攪亂，讓人民和那爾斯康的余黨們的關系不和。人民知道蘇菲亞狡猾的騙局，相互告誡不要相信她的陰謀詭計。很長一段時間蘇菲亞都沒有收獲，于是她就改變計劃，招募了集市中的一些無賴，授予他們軍銜編成一支軍隊，這支軍隊表面上是在擁護彼得，實際上是想要圖謀殺害他。沒過多久，彼得的一位朋友覺察了這件事，告訴了彼得，當時彼得正在睡覺，聽到這件事感到十分震驚，他沒來得及換掉睡衣，就躲到馬棚中，朋友牽來一匹馬。彼得立即上馬飛馳到一片森林中。朋友帶著皇袍跟隨著他，和彼得一起躲在了一座寺廟里。
蘇菲亞知道自己的計謀失敗了，想要隱瞞自己的罪行，于是寫信請乞求皇帝早點回莫斯科（俄國的京城），還親自到寺院拜見彼得。彼得認為蘇菲亞屢次作亂，不愿和她見面，命令官員把她擋截在路途中。暴徒們知道被蘇菲亞出賣，同樣也十分怨恨蘇菲亞，都向彼得謝罪，表示愿意效忠王室來贖罪。彼得于是趁機消滅了蘇菲亞的余黨，大肆逮捕他們，他抓捕了余黨中的一兩個頭目，對他們處以死刑，其他的人有的被流放，有的被囚禁，判定的罪行各有不同。彼得又押著罪行較輕的一批人，帶到眾人面前清點人數，并且告訴他們，他們這些罪犯，一生都不會受到皇帝的恩待。彼得處置完畢后，就把蘇菲亞幽禁在修道院里，跟她約定除了大祭日外不允許和皇族與自己的族人、親屬見面。雖然彼得幽禁了蘇菲亞，但是因為他們是親生骨肉，對待她很有禮節，除了配備給她干凈的房間，還給她許多奴婢侍奉她。
后來彼得游歷歐洲時（詳情見下文），蘇菲亞又再次作亂。當時貴族們和射擊隊反對彼得的改革，謀劃背叛彼得，擁護蘇菲亞為皇帝，駐扎在莫斯科的哥敦將軍討伐他們，平定了叛亂。彼得聽到消息后也很快回國，懲罰了叛徒，再次幽禁了蘇菲亞，禁止她聽取國家大事（當時蘇菲亞已經被釋放，所以這么說）。蘇菲亞之亂，前前后后歷時幾十年，到這時才徹底平息。
【評論】
俄國的貴族權力很大，所以歷代君主，如果不是像彼得這么偉大，大概只能是守住自己的國家罷了。專制國家的君主，說起來是實行專制，但實際上是被貴族們專制著。俄國的專制情況和我國類似，在歷史上也有相同點，例如我國數千年以來，宦官皇后外戚篡權引發的禍亂，在史書上從來沒有斷絕過，這點俄國也差不多。蘇菲亞之亂，前后持續了十幾年才平息。在俄國其他的歷史時期，像這樣的例子也不少。所以現在俄國的無**主義革命者，逼迫**交出政權，也可以說是這樣的極端例子。他們之所以還不能獲得政權，只是因為權力還在被貴族們把持著，不是一定要君主交權。所以，近日這些無**主義者反對專制體制，但是不反對君主，只是反抗貴族大臣。這些貴族大臣一旦認輸，那么專制帝制自然就會終結。這是已經發生過且得到過驗證的事，結果是可以預料的。