戰斗還沒有完全結束，勝利者仍面臨著一場悲劇。美國要控制中太平洋還得付出代價。
5日清晨，“伊-168”潛艇轟擊中途島無果。此后田邊收到一份“特急件”：“我空襲使一艘‘企業’級大型航母遭重創，現漂浮在中途島東北150海里的洋面上。著‘伊-168’火速追蹤，將其擊沉。”
從譯電官對無線電的監聽中，田邊對戰況有了比較清楚的了解。他知道日本已喪失了攻占中途島的戰機，但他謹慎行事，沒有把監聽到的內容及他個人的看法向艇員們透露。這項命令給了他一次求之不得的機會，使他能替遭受損失的日本航母報仇雪恥。
他立即把剛收到的命令傳達給艇上全體官兵。有些人高興得歡呼起來，也有些人因緊張與對戰斗的期待而顫抖。田邊在軍官**室召集參謀人員，指示他們拿出一份詳細的攻擊方案。他自己返回駕駛臺，坐在小凳上，十分懷疑他是否能發現并捕捉到那艘航母，如能，他又是否能將其擊沉。他估計，在受損航母四周一定有嚴密的警戒，他可能無法進入擊沉敵艦的陣位。
田邊兩眼凹陷、目光深沉，身材瘦削，舉止優雅，和源田長得很像。他在駕駛臺連續坐了幾個小時，考慮解決問題的辦法。他沒有源田那樣的創造才能，但具備一個潛艇艇長的某些可貴之處——他做事穩當，三思而行，像貓潛獵松鼠那樣有無限的耐心。
田邊靈光的大腦正在考慮時間安排問題。他不僅希望而且也打算在拂曉時找到那艘航母。當時的日本潛艇還沒有裝備雷達，田邊所依靠的就是自己良好的目力以及他那副性能上佳的12厘米雙筒望遠鏡。他肯定那艘航母有驅逐艦護衛，還有空中巡邏。為了不讓自己的潛艇被發現，就要趁天色還比較暗的時候，而為了能看清獵物，他又需要有一點亮光。
田邊正在沉思，艇上負責電子器件的軍官走到駕駛臺，遞給他一張護身符。他解釋說，這是他從水天宮神社搞來的。他在離開吳港前弄到一些，想給艇上每人一張。
等副艇長報告說攻擊準備完成，已讓艇員們都去休息時，夜色正徐徐降臨。田邊下到艙里去巡查，驚異而自豪地發現，有些艇員已進入了夢鄉。他們頭上纏著準備作戰用的白色頭巾。另一些人激動得無法入睡，正聚在一起快活地聊天。田邊乘夜色朦朧，把潛艇浮出水面，以16節的航速朝著目標航行。
一名監視哨兵一直在用望遠鏡觀察東方的海面。04：10，他突然大喊：“右舷前方發現一個黑點！”田邊站到哨位上親自觀察。他透過望遠鏡凝視著逐漸變得明亮起來的天邊，心里十分喜悅。獵物就在大約20千米（約12海里）開外，而且發現它的時機和它的位置都恰到好處。潛艇從西南方迎著冉冉升起的旭日航行，艇員們可以清楚地看見“約克城號”的身影。只要田邊不想暴露自己，敵人朝著夜色消退的方向想發現他是有困難的。他當然不想暴露自己。由于已發現目標，他把航速從16節減到12節，因為以16節航行，艦艇破浪航行的情景很容易被巡邏飛機發現。
大約06：00，田邊看見2艘守護航母的驅逐艦，于是他決定下潛，僅以3節的航速悄然向前。文書軍士把戰斗給養分發到每個艇員手里。魚雷兵最后把魚雷再擦拭一遍。距離越來越近。田邊數了數，共7艘驅逐艦，在離航母約1000米處成2列環繞。其實驅逐艦只有6艘，由于距離仍然較遠，田邊未能識別出“捕蠅鳥號”是艘掃雷艇。
擔任掩護的驅逐艦數量眾多，加之海面平靜，潛望鏡很容易被發現，于是田邊收起潛望鏡，靠聽聲音在水下航行了一陣。在此之前，他每隔10分鐘升一次潛望鏡，此后他大約每隔1小時才升一次。
他再次冒險升起潛望鏡觀察，發現離目標約15千米。那些驅逐艦看來都處于高度戒備狀態。他根據噪聲判斷敵人使用了聲吶。他下令說：“準備對付敵人深水炸彈攻擊！”艇員們屏住氣等候著。田邊偶爾也讓他們了解一下敵情。這時東風徐起，吹起層層細浪，對“伊-168”非常有利。
他隨后進行了幾次潛望觀察，但所看到的情況使他大惑不解。雖然那艘航母幾乎是靜止不動的，它的位置卻與潛艇領航員的計算不符。不論他如何努力，他與航母之間的相對位置不但沒有變得對他更有利，反而變得糟糕了。它的航速是多少？它的大致航向是什么？它是否正在隨風漂移？田邊拿這些問題問自己，但得不出滿意的**。
他原計劃從那艘航母的左側實施攻擊，但它仍在運動，于是他決定攻其右舷，并相應變動了潛艇的位置。他還決定完全根據海圖計算來進一步接近敵人。這意味著，他可能根本就打不著敵人，但他覺得必須爭取這個機會。他根據海圖指揮潛艇的運動，而結果如何就只能聽天由命了。美國的驅逐艦不斷從“伊-168”上方開過，田邊感到提心吊膽。潛艇的其他乘員也都聽到了美國人聲吶裝置的噪音。
12：37，田邊輕聲祈禱后，升起潛望鏡。他這一驚實在非同小可，因為航母的龐大身軀像一座山似的矗立在他面前，連艦上人的面孔他都看得清清楚楚。他距離“約克城號”500米，已經深入到驅逐艦警戒圈的里面。
田邊急忙收起潛望鏡，速度比剛才升它的時候快多了。靠得太近不僅使他感到不自在，而且可能造成魚雷攻擊的失敗。距離這么近，魚雷會從航母下方鉆過去，對它不造成任何危險。對于美國的驅逐艦警戒圈，田邊絲毫沒有掉以輕心。他知道，面臨敵人如此高度的戒備，自己的攻擊機會將只有一次，他必須首發殲敵。為此，他只好硬著頭皮再次穿過兩道驅逐艦警戒線，至少要把潛艇與目標的距離增加一倍。
正當田邊小心翼翼地向攻擊距離運動時，他突然發現敵人的聲吶探測聲全部消失。他對上面發生的事感到奇怪，對領航員說：“看來他們的聲吶值班人員都去吃午飯了。”不論是什么原因，這個出乎意料的空子給了田邊一次機會。他再度冒險向上觀察，發現自己在距**1500米的最理想的位置上。另外，這時“約克城號”正朝著他轉身，把艦體中部暴露在他的正面，整個側面恰好處于他瞄準器的中央。他在瞄準器中還捕捉到一艘驅逐艦，但他認為這艘艦不構成障礙。田邊虔誠地想：我肯定是受到了戰神的保佑，要確保殲敵，這個位置對我來說真是求之不得。
“伊-168”有8個魚雷發射管——艇首4個，艇尾4個。田邊知道，他只能靠發射艇首的幾枚魚雷，來不及掉轉潛艇，進入尾部發射魚雷的陣位。所以他決心每發必中。他高聲下達命令：“準備發射！”幾秒鐘后他喊了一聲，“放！”
2枚魚雷飛速射出。2秒鐘后，他向一方向又射出2枚魚雷。在一般情況下，田邊會取不同角度，把4枚魚雷發射得散開一些，這樣總會有2枚命中。可是這一次，他認為肯定會命中，所以就兩次齊發，射向同一個點上，以期達到最大限度的破壞力。
“伊-168”發射魚雷時，“約克城號”似乎正逐步恢復元氣。整個上午，巴克馬斯特率領搶險人員在航母上奮戰，“漢曼號”給他們提供了必要的動力。為了糾正艦體傾斜，有一個搶險分隊在進行水箱的排水與注水；另一個分隊在拆除傾斜一側的重型裝備。他們已經扔掉了左側的錨、左舷5門20毫米口徑小炮的炮座以及一門5英寸口徑的炮。這些措施使該艦的傾斜度減少了2度。雜貨艙燒了很久的火也終于被撲滅。艦尾第三層甲板下積水已被抽掉3英尺。有一個作業組把飛機從前機庫取出，慢慢放進海里。醫療人員完成了鑒別死人的痛苦差事，并準備進行安葬。35具尸體中，只有10具無法辨認。巴克馬斯特主持了適當的儀式，然后就把他們海葬了。
13：31——從田邊在“約克城號”鼻子尖底下伸出潛望鏡算起，再過6分鐘就整整一小時了——巴克馬斯特發現風平浪靜的海面上出現了4道魚雷航跡。**上的一挺機槍鳴槍報警。“魚雷襲擊！”的警報迅速發出。“漢曼號”拼命向雷跡開炮，想在魚雷擊中目標前把它們引爆。第一枚魚雷擊中“漢曼號”艦體中段，另兩枚從它底下鉆過去，擊中“約克城號”右舷艦底與艦側彎曲部位第八十五框架，把艦體炸出了一個大洞。第四枚魚雷從艦尾部脫靶而過。
由于“約克城號”的三號輔助升降機被連根拔起，各種固定裝置全部轟然砸在機庫甲板上。“前桅桿右舷側支腳的鉚釘全部斷裂”，人被拋得到處都是，有的被掀進海里，有的摔得傷筋折骨、皮開肉綻、遍體鱗傷。
“漢曼號”二號鍋爐艙被擊中，艦身幾乎被炸成兩截，不到3分鐘就沉沒了。伯福德回憶說：“魚雷擊中‘漢曼號’，就像打斷了它的脊梁骨。它幾乎完全斷成兩截，那情景太可怕了。許多人被從甲板上掀進了海里，還有很多人當場被炸死。”
“漢曼號”艦長阿諾德·E.特魯海軍中校被爆炸氣浪掀起，前胸撞在桌子上，肋骨折斷一根，喘不上氣，說不了話。這樣就只好由副艦長下令棄艦。更糟糕的事又接踵而來。“漢曼號”下沉時，它上面的深水炸彈在3個不同深度發生爆炸，掀起的水柱足有15英尺高。艦上13名軍官中9人喪生，228名艦員中72名死亡。
特魯艦長認為“漢曼號”的深水炸彈是上了“保險”的。他在報告中熱情贊揚了技術一等兵B.M.金布雷爾說：“他留在艦尾，最后又檢查了深水炸彈，以確保它們都上了‘保險’。他還幫助幾名因休克而暫時失去戰斗力的人從舷邊下去，把救生衣給他們。在尾部即將沉沒時，他自己連救生衣也沒穿就跳進了海里。他也是失蹤者之一……”
盡管這名水兵進行了英勇的努力，可是人們一致認為，這些劇烈爆炸的確是驅逐艦上的深水炸彈造成的。特魯很可能對金布雷爾采取的行動作了錯誤的解釋。金布雷爾發現魚雷航跡后，認為要立即采取反潛措施，所以他實際上是把深水炸彈下了“保險”。爆炸發生4小時后，特魯被“巴爾奇”號救起。這時他已經半死不活了，可是他兩個胳膊下面還各夾著一名已經死亡的艦員。
田邊的第四枚魚雷射出的瞬間，潛艇已下潛到100米左右的安全深度。接著他駕艇直接朝“約克城號”駛去。他認為離現場越近越安全，因為驅逐艦不會在航母附近投放深水炸彈，否則在這一海域浮游的幸存者會遭殃。
時間一秒一秒地過得像爬一樣，田邊和艇上其他人都在等候爆炸的聲響。發射魚雷后40秒鐘左右，潛艇劇烈震動了一下，接著是第二次、第三次。可以毫不夸張地說，潛艇每晃動一次，水兵們都高興得直跳，他們互相擁抱，使勁呼喊：“萬歲！”幾名士官跑到指揮塔向田邊祝賀。一位水兵給他端了杯軟飲料，田邊感動得有點哽咽。他幾乎忘記了，自從發現“約克城號”以來，他一直在指揮塔里，連一口水都沒喝過。現在他才感到緊張與口渴，嗓子眼像把銼刀，話也說不出來了。
他知道，對于艇上的人來說，戰斗才剛剛開始。一艘潛艇潛近獵物要比從它身邊逃脫容易得多。所以他向全艇傳話說：“真正的戰斗將從現在開始，請加倍留神。”魚雷發射出去還不到5分鐘，深水炸彈就投下來了。但那些驅逐艦似乎漫無目的，所以“伊-168”起初第一個小時的日子還比較好過。但情況突然發生變化，一艘驅逐艦從它上方自右至左直接駛過，投下2顆深水炸彈。現在獵手反成了被獵對象。
田邊把教科書上講過的規避方法全用上了，但無法避開從頭頂上方像接力賽一樣輪番駛過的驅逐艦。不過，他總算幸運。副艦長報告說，它已避開了60顆深水炸彈。可他的話音未落，“伊-168”就像一匹野馬似的跳了起來。頭頂上方的油漆開始一塊塊地剝落。照明系統出現故障，艇內一片漆黑。緊急照明設備迅速啟動。對損壞情況調查的結果是：前魚雷發射艙和后轉向舵機艙進水，蓄電池受到損壞。艇員們迅速堵住了漏，但蓄電池一時還修不好。電池中的硫酸慢慢地滲漏出來，和艙里的污水混在一起，產生了氯氣。呼吸變得越來越困難，連艙底的老鼠也跑了出來，逃避這令人窒息的氣味。
接二連三地落下的深水炸彈，像配制雞尾酒的震動器一樣，使潛艇不斷搖晃。由于沒電，潛艇動彈不得，水平舵和垂直舵失靈。為防止潛艇浮出水面，田邊指派艇員們東奔西忙，又是注水，又是排水，以使重量均衡分布。主機械師和電器師戴上面具，率領手下人員拼命地搶修有致命危險的蓄電池。有幾個人被毒氣熏倒，只好把他們抬出蓄電池室。田邊給大家打氣說：“再有兩小時就日落了，要堅持住。”
田邊知道潛艇在水下無論如何也堅持不了兩小時，因為氣壓只剩下40千克。空氣幾乎無法呼吸，緊急照明也熄滅了。水兵們在昏暗的提燈光下工作。大約在16：40，“伊-168”的艇首開始上翹了30度。田邊不得已作出了最后決定：聽天由命，任其上浮！在海面上進行光榮的最后一戰而犧牲，也比潛蹤匿跡在水下憋死要痛快。他下令說：“炮和機槍作好射擊準備，迅速上浮射擊。”
艙口蓋剛冒出水面，田邊就縱身一躍跳上艦橋。他驚訝地發現，附近海面空空如也。他朝遠處望去，只見大約在10千米以外有3艘敵驅逐艦。23這肯定是在搜獵他的“本漢姆號”、“莫納漢號”和“休斯號”。24特別使田邊感興趣的是，那艘**不見了。他斷定它確已被擊沉，就趕緊跑下去，和艇上的人共同分享這個喜訊。
田邊高興得太早了，因為“約克城號”此時此刻仍在海上漂著。說來也怪，“伊-168”的魚雷反而使它的傾斜減到17度，而且巴克馬斯特還希望上午再繼續進行搶救。這一天算是白干了。識別死者的工作也白干了，因為他們的遺物，包括指紋在內的檔案全都掉進海里了。驅逐艦正全力營救幸存者，打撈死尸，搜尋“伊-168”。巴克馬斯特決定在天亮之前暫不采取任何行動，等艦隊的“納瓦霍號”拖駁到來。于是他和搶險隊離開了母艦，上了“巴爾奇號”。
田邊沒有高興多久，很快又看見那3艘驅逐艦改變航向朝他駛來。他想溜之大吉，在潛艇全速航行時給蓄電池充電，但他馬上意識到，“伊-168”的水面航速和追擊他的驅逐艦不可同日而語。有1艘驅逐艦向別處開去，另外2艘飛速向他駛來。田邊命令通聯官給聯合艦隊發報說：“我們擊沉了‘約克城號’，現將同敵艦決一死戰。”
觀察哨不斷報告“敵人在逼近”，可是艙下傳來的總是“電機仍無法使用”。怎么辦？下潛還是繼續在水面航行？迫不得已時就和驅逐艦撞個同歸于盡？按田邊的個性，他倒很想走第三條路，可是他又考慮到艦上的人和他們的家小。他看了看表，離日落還有30分鐘，驅逐艦已測出距離，艦炮正對潛艇進行交叉射擊。田邊問副艦長：“我們有多少空氣了？”副艦長答道：“已上升到了80千克。”
田邊立即下令“緊急下潛到60米深度”。接著主機械師那里傳來了振奮人心的消息：“電機已能使用。”驅逐艦似乎又失去了目標，它們的炮彈和深水炸彈落得越來越遠。田邊為這艘潛艇和艇上的官兵打贏了這一仗。
18：50，潛艇浮出水面。在13個小時中，田邊和艇上官兵除喝過一杯水慶賀勝利外，既沒吃也沒喝。他的內心充滿了感激和自豪。他從內心深處感激忠心耿耿的官兵們那無私的獻身精神。在確信可以在海面上自由航行后，他下令說：“打開艙蓋，換換新鮮空氣。”在夜晚的微風中，大家深深地呼吸著這清新的、略帶咸味的空氣。
田邊有點擔心，怕靠所剩的燃油到不了吳港。“伊-168”起航前，艦隊一位軍需官對他說過，他可以在中途島被攻占之后去那里加油——日本人就是這樣自信！——但這一條現在行不通了。田邊只使用了兩臺發動機中的一臺，用油箱里僅剩下的800千克燃油，熟練地把潛艇開到了吳港。他和全體官兵像英雄一樣受到了歡迎。
“約克城號”令人難以置信地在海上漂了一夜。將近拂曉時分，它的艦員以及擔任警戒的艦艇才真正把它放棄。驅逐艦中隊司令愛德華·P.索爾海軍上校看看這艘巨型航母已實在無可救藥，就讓各驅逐艦圍聚在它的四周，向它舉行了告別儀式。目睹它奄奄一息的慘景，特別令人心碎，這艘了不起的航母曾闖過無數艱難險阻，它真該活下去。
在絢麗的晨曦中，“約克城號”下沉速度越來越快。此刻，伯福德是百感交集。他回憶說：“我們的驅逐艦列隊就位，注視著它沉入大海。目送這艘大型軍艦安息真是個莊嚴肅穆、催人淚下的場面。它沉沒時，各艦下半旗，全體人員脫帽肅立。說實在的，以這種方式向這艘英勇的艦艇告別是再合適不過的了。”他的語調深沉。接著他說，“但從某種意義上說，這也真他媽滑稽可笑。我們真不該在這樣的儀式上浪費時間和精力。我們應該去追擊那些該死的日本人！”
“約克城號”于6月7日04：58沉沒。至此，第十七特混艦隊大體上就解體了。弗萊徹率“阿斯托利亞號”和“波特蘭號”返回珍珠港。“巴爾奇號”、“休斯號”和“莫納漢號”在加油點被編入第十六特混艦隊。巴克馬斯特及其部下從“巴爾奇號”轉到“格溫號”，隨同載著“漢曼號”幸存者的“本漢姆號”同時回國。回國后，他有一項不愉快的任務，就是匯報“約克城號”的作戰情況。該艦的作戰使他感到驕傲，同時也使他極為悲傷。他在報告末尾寫道：
在所有這些戰斗中，以及在為這些戰斗進行海上訓練的許多星期中，“約克城號”的戰斗精神是無與倫比的。即使它已在戰斗中光榮犧牲，它的戰斗精神仍與世永存。我們這些有幸能在這艘英勇艦艇上服過役的人，不僅衷心希望它能永存于我們的記憶之中，而且希望能把它的艦員集中在一起，讓他們操縱、管理一艘新的、最好還是以“約克城號”命名的**，用它去同敵人戰斗。